Zlecenie 12829678 - Świadczenie usługi szkoleniowej pn. Kurs z zakresu...

cznego w Szczecinie na potrzeby realizacji projektu pn.
Integracja, Edukacja, Rozwój - Strategia na rzecz lepszego studiowania i przeciwdziałania drop-
outowi - PUM CARE nr FERS.01.05-IP.08-0082/25, współfinansowany w ramach Programu Fundusze Europejskie dla Rozwoju Społecznego, Priorytet 1 Umiejętności, Działanie 01.05 Umiejętności w szkolnictwie wyższym
Przedmiotem zamówienia jest usługa przeprowadzenia szkolenia dla Kadry dydaktycznej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie organizowanego w ramach projektu pn.
Integracja, Edukacja, Rozwój - Strategia na rzecz lepszego studiowania i przeciwdziałania drop-
outowi - PUM CARE FERS.01.05-IP.08-0082/25.
Przeprowadzenie szkolenia dla 10 Nauczycieli Akademickich z zakresu modelowania molekularnego.
Zakres szkolenia, będącego przedmiotem niniejszego zamówienia przedstawia Tabela nr 1.
Tabela nr 1. Zakres i cel szkolenia będących przedmiotem niniejszego zapytania
liczba godzin
Zakres i cel szkolenia..,.
dydaktycznych
Szkolenie powinno obejmować swoim zakresem zajęcia teoretyczne oraz praktyczne.
Minimalne zagadnienia jakie powinny zostać objęte niniejszym
szkoleniem:
Przewidywanie struktury 3D białka (AlphaFold2) i dokowanie
molekularne
Wykład 1: Wprowadzenie do przewidywania
struktury 3D białka - metoda AlphaFold2.
Ćwiczenie praktyczne 1:
Przewidywanie struktury 3D białka przy pomocy metody AlphaFold2.
1. Przygotowanie do przewidywania - uzyskanie sekwencji
aminokwasów.
2. Uruchamianie Alphafold2.
3. Porównanie przewidywanej struktury ze znaną strukturą za pomocą
analizy RMSD.
4. Krótka dyskusja na temat wyników.
Wykład 2:
1. Wprowadzenie do dokowania molekularnego. 14
2. Znaczenie dokowania w odkrywaniu leków
3. Algorytmy dokowania i funkcje scoringowe.
Ćwiczenie praktyczne 2:
Dokowanie molekularne i analiza wyników.
1. Otrzymywanie struktur receptorów i ligandów.
2. Przygotowanie struktur białkowych i ligandowych.
3. Generowanie możliwych konformacji i orientacji ligandów w stosunku
do białka.
4. Ocena dopasowania ligandu do miejsca wiązania białka za pomocą
funkcji punktacji.
5. Ranking konformacji ligandów według wartości punktowych i wybór
najlepiej pasujących, o najniższej energii interakcji białkoligand.
6. Analiza wyników: określenie orientacji i pozycji wiązania ligandu oraz
aminokwasów istotnych dla oddziaływań białko-ligand.
Podsumowanie szkolenia:
• Zrozumienie dokowania molekularnego.
• Praktyczne doświadczenie w prowadzeniu dokowania kompleksu białko-ligand.
• Umiejętność samodzielnej analizy wyników dokowania molekularnego.
1. Obowiązki Wykonawcy:
a) Wykonawca w ramach przedmiotu zamówienia przygotuje materiały szkoleniowe. Materiały te powinny zostać oznakowane odpowiednimi logotypami unijnymi oraz nazwą projektu, Logotypy zostaną przekazane wybranemu Wykonawcy niezwłocznie po podpisaniu umowy.
b) Wykonawca przeprowadzi bilans kompetencji (wskazana forma testu) uczestników szkoleń na początku oraz na zakończenie uczestnictwa w kursie;
c) Wykonawca zapewnieni wysoki poziom nauczania poprzez staranne, rzetelne przygotowanie i przekazanie treści dydaktycznych;
d) Wykonawca będzie odpowiedzialny za sprawdzanie listy obecności,
e) Wykonawca zobowiązuje się do informowania Zamawiającego w formie ustnej lub
elektronicznej o występujących problemach i trudnościach w realizacji szkolenia;
f) Wykonawca przekaże Zamawiającemu oryginały dokumentów powstałych podczas realizacji
szkoleń: ankiety, testy kompetencji, listy obecności itp.
g) Wykonawca jest zobowiązany do terminowej realizacji powierzonego zadania.
h) Zamawiający zapewnia salę komputerową, w której zostanie przeprowadzone szkolenie,
Wykonawca zapewni oraz wykorzysta wyłącznie oprogramowanie ogólnodostępne i bezpłatne, niewymagające zakupu licencji ani opłat abonamentowych po stronie Zamawiającego lub uczestników szkolenia.
V. Zamawiający zapewnia salę komputerową, w której zostanie przeprowadzone szkolenie. Miejsce i
termin realizacji zamówienia:
1. Zajęcia będą odbywać się w Pomorskim Uniwersytecie Medycznym w Szczecinie.
2. Godzina szkoleniowa rozumiana jest, jako 45 minut.