Przetarg 12863308 - Usługa polegająca na wykonaniu sekwencjonowania mRNA z...

yników.
2. Liczba prób jest następująca:
192 próby: gatunek Lupinus albus (analiza 1)
780 prób gatunek Lupinus albus (analiza 2)
640 prób: gatunek Lupinus luteus (analiza 3)
3. Próby RNA zostaną przygotowane przez zamawiającego i dostarczone w trzech transzach (w suchym lodzie), podzielone na wskazane analizy, z uwzględnieniem możliwości trzykrotnego dosłania prób w przypadku nie spełnienia wymaganych kryteriów jakości. Metoda izolacji: SV Total RNA Isolation System (Promega).
4. Zamówienie w zakresie sekwencjonowania obejmuje:
- kontrolę jakości wyizolowanego RNA
- utworzenie bibliotek (polyA)
- kontrolę jakości utworzonych bibliotek
- sekwencjonowanie RNA - wymagana minimalna liczba odczytów na próbę-50 M, długość odczytów 150 bp, sparowane końce (PE150), 15 Gb/próbę (± 10%)
- kontrolę jakości uzyskanych danych
- połączenie wyników z kilku ścieżek dla jednej próby w jeden plik
- udostępnienie danych na serwerze oraz przesłanie kopii na dysku twardym
5. Zamówienie w zakresie analizy bioinformatycznej obejmuje:
Analiza 1
192 próby: gatunek Lupinus albus (4 linie x 3 terminy obserwacji x 4 powtórzenia biologiczne x 4 warianty doświadczalne (kontrola oprysk, kontrola dermaroller, inokulacja oprysk, inokulacja dermaroller))
Analiza jakości danych-usunięcie adapterów i fragmentów o niskiej jakości
Podsumowanie ilości danych i ich jakości po filtrowaniu - tabela
Mapowanie odczytów do sekwencji genomu referencyjnego łubinu białego (NCBI GCA_009771035.1), genom posiada adnotację genów
Ilościowa analiza ekspresji (liczba odczytów na gen dla każdej próby) - tabela
Analiza korelacji między powtórzeniami biologicznymi
Różnicowa analiza ekspresji genów - zamawiający poda tabele wskazujące, co z czym należy porównać, ale dla rozeznania skali analizy zestawienie jest następujące:
a) inokulacja dermaroller vs kontrola dermaroller (4 linie x 3 terminy = 12 porównań)
b) inokulacja oprysk vs kontrola oprysk (4 linie x 3 terminy = 12 porównań)
c) inokulacja dermaroller vs inokulacja oprysk (4 linie x 3 terminy = 12 porównań)
Analiza nadreprezentacji terminów ontologii genów (GO enrichment analysis) i analiza wzbogacenia szlaków KEGG (KEGG pathway enrichment analysis) w zbiorach genów o zróżnicowanej ekspresji, dla każdego porównania
Analiza nadreprezentacji zestawów genów (gene set enrichment analysis, GSEA)
Analiza 2
780 prób gatunek Lupinus albus (189 linii RIL w jednym powtórzeniu 2 linie rodzicielskie w trzech powtórzeniach =195 x 4 warianty -kontrola oprysk, inokulacja oprysk 1, inokulacja oprysk 2, inokulacja dermaroller)
Analiza jakości danych-usunięcie adapterów i fragmentów o niskiej jakości
Podsumowanie ilości danych i ich jakości po filtrowaniu - tabela
Mapowanie odczytów do sekwencji genomu referencyjnego łubinu białego (NCBI GCA_009771035.1), genom posiada adnotację genów
Ilościowa analiza ekspresji (liczba odczytów na gen dla każdej próby) - tabela
Analiza loci SNP i krótkich indeli dla 189 linii RIL i 2 linii rodzicielskich (traktując zbiorczo wyniki z czterech wariantów) - tabela
Różnicowa analiza ekspresji genów:
a) linie odporne vs podatne (inokulacja oprysk 1, inokulacja oprysk 2, inokulacja dermaroller = 3 porównania, w każdym z nich będzie inny zestaw linii podany do wiadomości wykonawcy)
Analiza nadreprezentacji terminów ontologii genów (GO enrichment analysis) i analiza wzbogacenia szlaków KEGG (KEGG pathway enrichment analysis) w zbiorach genów o zróżnicowanej ekspresji, dla każdego porównania
Analiza nadreprezentacji zestawów genów (gene set enrichment analysis, GSEA)
Analiza 3
640 prób: gatunek Lupinus luteus (10 linii x 4 terminy obserwacji x 4 powtórzenia biologiczne x 2 warianty doświadczalne (wernalizacja i brak wernalizacji) x 2 fotoperiody (8 godzin i 16 godzin)
Analiza jakości danych-usunięcie adapterów i fragmentów o niskiej jakości
Podsumowanie ilości danych i ich jakości po filtrowaniu - tabela
Mapowanie odczytów do sekwencji genomu referencyjnego łubinu żółtego (NCBI GCA_964019355.1), genom posiada adnotację genów
Ilościowa analiza ekspresji (liczba odczytów na gen dla każdej próby) - tabela
Analiza korelacji między powtórzeniami biologicznymi
Różnicowa analiza ekspresji genów - zamawiający poda tabele wskazujące, co z czym należy porównać, ale dla rozeznania skali analizy zestawienie jest następujące:
a) wernalizowane vs niewernalizowane (10 linii x 4 terminy x 2 fotoperiody = 80 porównań)
b) terminy 2, 3, 4 vs termin 1 (10 linii x 3 terminy x 2 warianty wernalizacji x 2 fotoperiody = 120 porównań)
c) linie do linii 114B (9 linii x 4 terminy x 2 warianty wernalizacji x 2 fotoperiody = 144 porównania)
d) fotoperiod 8 h vs fotoperiod 16 h (10 linii x 4 terminy x 2 warianty wernalizacji = 80 porównań)
Analiza nadreprezentacji terminów ontologii genów (GO enrichment analysis) i analiza wzbogacenia szlaków KEGG (KEGG pathway enrichment analysis) w zbiorach genów o zróżnicowanej ekspresji, dla każdego porównania
Analiza nadreprezentacji zestawów genów (gene set enrichment analysis, GSEA)
6. Po uzyskaniu ofert, ale przed podpisaniem umowy, zamawiający zastrzega sobie możliwość zmniejszenia liczby analizowanych prób o maksymalnie 10% z proporcjonalnym zmniejszeniem wynagrodzenia.
7. Do niniejszego postępowania przepisów ustawy z dnia 11 września 2019 r. (Dz. U. 2026 poz. 793 ze zm.) nie stosuje się, zgodnie z art. 11 ust. 5 pkt. 1).
8. Ze względu na zapewnienie wysokiej jakości świadczonych usług nie dopuszcza się podwykonawstwa dla następujących części zamówienia:
- utworzenie bibliotek (polyA)
- kontrolę jakości utworzonych bibliotek
- sekwencjonowanie RNA